Bereits 1535 wurde in Waiblingen die Reformation eingeführt. Die ursprüngliche Kirchgemeinde der Michaelskirche wurde nach dem 2. Weltkrieg aufgrund wachsender Bevölkerungszahlen in mehrere Gemeinden aufgeteilt. In jedem Stadtteil gibt es eine evangelische Kirchgemeinde. Seit dem 19. Jahrhundert gibt es auch wieder eine katholische Gemeinde, zu der die 1988 gegründete Johanneskirche und die Marienkirche gehören.
In Waiblingen finden sich auch einige Freikirchen, darunter die evangelisch-methodistische Kirche und die Evangelische Freikirchliche Gemeinde. Des weiteren ist die Neuapostolische Kirche und die Kirche Jesu Christi der Heiligen der Letzten Tage in Waiblingen vertreten. Darüberhinaus finden sich auch eine griechisch-orthodoxe Gemeinde und einige islamische Gemeinschaften.
Folgende Friedhöfe finden sich in Waiblingen:
- Friedhof Beinstein
- Friedhof Bittenfeld
- Friedhof Hegnach
- Friedhof Hohenacker
- Friedhof Neustadt
- Friedhof Waiblingen
Hegnach und Beinstein besitzen beide einen alten Friedhof, der ebenfalls zu begehen ist.